Ochrona Około 70% obszaru zlewni rzeki Capel zostało wylesione. Usuwanie roślinności spowodowało szybszy przepływ wody deszczowej do oceanu, a także zwiększyło erozję brzegów rzeki.
W celu ochrony rzeki podjęto akcję Capel River Action Plan, mającą na celu dostarczenie właścicielom gruntów oraz szerszej społeczności Capel narzędzia, które pomoże ukierunkować wykorzystanie dostępnych zasobów na zwalczanie chwastów, kontrolę erozji oraz ponowne nasadzenie rodzimej roślinności wzdłuż strefy brzegowej.
Fauna Ichtiofauna rzeki Capel obejmuje zarówno gatunki endemiczne dla południowo-zachodniej Australii, jak i gatunki introdukowane. Wśród rodzimych ryb, w głębszych partiach rzeki obfitujących w zwalone drewno, występuje – największa słodkowodna ryba tego regionu. Pospolicie spotykany jest również . Wody rzeki stanowią także siedlisko dla skorupiaków, w tym dużych raków z gatunku , mniejszych oraz krewetek .