Do 1981 roku prowadzono tu selektywną wycinkę drzew (głównie mahoniu i cedru), a w miejscu obecnej siedziby administracyjnej rezerwatu funkcjonował obóz drwali Quam Bank.
Historia ochrony prawnej sięga lat 80. XX wieku:
1982–1984 – dr Alan Rabinowitz prowadził badania nad populacją jaguarów, które wykazały, że Cockscomb Basin jest kluczowym siedliskiem tego gatunku. 1984 – obszar ogłoszono rezerwatem leśnym i strefą zakazu polowań. 1986 – utworzono Cockscomb Basin Wildlife Sanctuary na obszarze 3640 akrów, jako pierwszy na świecie rezerwat dedykowany ochronie jaguarów. 1990 i 1997 – rezerwat został znacznie powiększony (do obecnych 122 260 akrów), włączając część rezerwatu leśnego Maya Mountain, aby zapewnić korytarz ekologiczny z rezerwatem Bladen Nature Reserve. 1998 – szczyt Victoria Peak wraz z otoczeniem został wydzielony jako osobny pomnik przyrody, zarządzany wspólnie z rezerwatem.
Utworzenie rezerwatu wiązało się z konfliktami społecznymi. Mieszkańcy wioski Maya Centre początkowo otrzymali zakaz wstępu na tereny uznawane przez nich za święte.