W 1977 roku, Lynch objął stanowisko zarządzającego funduszem Fidelity Magellan Fund, który w momencie jego nominacji dysponował aktywami o wartości około 18 mln dolarów. W ciągu kolejnych 13 lat, do 1990 roku, fundusz odnotował wyjątkowo dynamiczny rozwój — wartość zarządzanych aktywów wzrosła do ponad 14 mld dolarów, a portfel obejmował ponad tysiąc różnych spółek.

Pod kierownictwem Lyncha Magellan Fund osiągał średnią roczną stopę zwrotu na poziomie około 29%, co uczyniło go jednym z najlepiej zarządzanych funduszy inwestycyjnych na świecie. Jego strategia opierała się przede wszystkim na dogłębnej analizie pojedynczych przedsiębiorstw, a nie na prognozowaniu ogólnych trendów rynkowych.

Początkowo koncentrował się głównie na dużych amerykańskich spółkach, stopniowo rozszerzając strategię o mniejsze firmy oraz podmioty zagraniczne. Do jego najbardziej dochodowych inwestycji należały m.in. akcje takich firm jak Ford, General Electric, Lowe’s, Kemper, Fannie Mae oraz Volvo.