Pod koniec XVIII wieku we wsi mieszkało około 200 osób zajmujących się rolnictwem i ogrodnictwem. W 1810 zarządzono w Prusach kasatę dóbr klasztornych, po czym tutejszy kościół objęli księża diecezjalni, pięć lat później zbudowano tu klasycystyczną plebanię. W 1834 r. część domów w Gajkowie – w tym plebanię i funkcjonującą od końca XIV wieku szkołę parafialną – zniszczył pożar wsi. Na początku wieku XX zbudowano kanał żeglugowy skracający znajdujące się tu zakola rzeki Odry, przystań dla statków wycieczkowych pływających z Wrocławia do Jelcza, żelazny most nad kanałem oraz ośrodek leczniczy dla chorych na gruźlicę, a w latach 20. XX wieku miały tu swoją siedzibę elżbietanki.
Bezpośrednio po II wojnie światowej wieś nazywała się Bobrowice oraz Kamienie, co nawiązywało do średniowiecznych tradycji, a w 1947 r. nadano jej nazwę dzisiejszą. Część powojennych mieszkańców Gajkowa to przymusowi polscy wysiedleńcy z Kresów Wschodnich, z miejscowości Chodaczków Wielki.
Zabytki Do wojewódzkiego rejestru zabytków wpisane są: Kościół św. Małgorzaty w Gajkowie, parafialny z XVII w. dom ludowy, ul. Główna 32, z czwartej ćwierci XIX w.