Rewolucja 1848 roku pozbawiła go stanowisk państwowych. Po zamachu stanu Ludwika Napoleona w 1851 roku groziła mu również utrata wpływów w komitetach historycznych podległych Ministerstwu Oświecenia Publicznego, jednak zdołał zachować pozycję naukową. Dopiero III Republika w pełni przywróciła mu honory i oficjalne uznanie państwowe. Za swoje zasługi został uhonorowany Krzyżem Wielkim Legii Honorowej.
Działalność w akademiach naukowych W 1832 roku Mignet wszedł w skład nowo odtworzonej Akademii Nauk Moralnych i Politycznych (Académie des sciences morales et politiques). Cztery lata później objął funkcję jej sekretarza wieczystego (secrétaire perpétuel), którą sprawował od 1837 roku. Na tym stanowisku zasłynął pisaniem biogramów (tzw. Notices) zmarłych członków Akademii, które ceniono za styl i głębię analizy.
29 grudnia 1836 roku został wybrany na członka Akademii Francuskiej (fotel nr 20). W piątej turze głosowania pokonał m.in. Victora Hugo. W Akademii zasiadał przez blisko pół wieku, biorąc aktywny udział w jej pracach, m.in. w Komisji Słownika. Zmarł 24 marca 1884 roku w Paryżu w wieku 87 lat.