W czasie II wojny światowej, od 1940 pracował w Okręgowej Delegaturze Rządu we Lwowie, współpracował z podziemnym pismem „Wytrwamy”. W styczniu 1941 został szefem sztabu Dowództwa Związku Walki Zbrojnej na obszar okupacji sowieckiej, potem do marca 1942 kierował Oddziałem I Organizacyjnym Komendy Obszaru nr 3 w ZWZ/AK oraz do listopada 1943 Wydziałem IX Wojskowym. Przeniesiony następnie ponownie do ODR we Lwowie, gdzie był kierownikiem biura i do kwietnia 1944 zastępcą delegata, po czym odwołano go do Warszawy. Jego odejście miało związek z konfliktem pomiędzy wojskowymi a cywilnymi władzami Państwa Podziemnego na obszarze lwowskim. W maju 1944 został p.o. Okręgowego Delegata Rządu na Polesie, przy czym jego status nie jest w pełni jasny (równocześnie Delegatami Rządu odpowiednio na wschodnie i zachodnie Polesie byli ks. Fabian Poczobutt-Odlanicki i Stanisław Szopa). ODR na Polesie zakończyła działalność w 1944.
W okresie powojennym Jerzy Neugebauer był kierownikiem administracyjno-gospodarczym w Państwowym Przedsiębiorstwie Budowlanym w Warszawie.