William Alphonso Murrill opisał gatunek Amanita vernella, zebrany w Gainesville w stanie Floryda; gatunek ten obecnie uważany jest za synonim Amanita bisporigera. Amanita phalloides var. striatula, słabo znany takson, opisany po raz pierwszy w 1902 r. przez Charlesa Hortona Pecka, przez Rodhama E. Tullossa jest uznawany za synonim Amanita bisporigera.
Amanita bisporigera należy do sekcji Phalloideae w obrębie podrodzaju Amanitina, który obejmuje niektóre z najbardziej śmiercionośnych gatunków Amanita, w tym muchomora zielonawego (Amanita phalloides) i muchomora jadowitego (Amanita virosa). Klasyfikacja ta została podtrzymana w wyniku badań filogenetycznych, które wykazały, że gatunki wytwarzające toksyny z sekcji Phalloideae tworzą klad, czyli wywodzą się od wspólnego przodka. W 2005 r. chiński mykolog wraz ze swoimi współpracownikami przeprowadzili analizę filogenetyczną opartą na sekwencjach wewnętrznych przekładek transkrybowanych (ITS Internal Transcribed Spacer) kilku gatunków trujących muchomorów, z których większość występuje w Azji. Wyniki tej analizy potwierdzają istnienie kladu obejmującego Amanita bisporigera, Amanita subjunquillea var. alba, Amanita exitialis i Amanita virosa. Amanita exitialis ma 2-sterygmowe bazydiospory, podobnie jak Amanita bisporigera.