Według The National w okresie od kwietnia do czerwca 2011 r. stanowisko prorektora piastowały trzy osoby, co oznacza, że w latach 1998–2011 liczba prorektorów wynosiła siedem.
W 2012 roku zbadano skuteczność programu kształcenia nauczycieli Uniwersytetu Zayeda. Według „The National”, żaden ze 110 nauczycieli, których uniwersytet wykształcił w latach 2010–2012, nie został zatrudniony przez Radę Edukacji Abu Zabi (ADEC), która rzekomo zarzucała uniwersytetowi, że kształci „leniwych i słabo wykwalifikowanych absolwentów”.
Po szejku Nahyanie bin Mubaraku Al Nahyanie, w 2013 roku na stanowisko prezesa wybrano Maithę Al Shamsi. Po Al Shamsi stanowisko prezesa objęła Lubna Khalid Al Qasimi, która została mianowana w 2014 roku. W lipcu 2023 roku Shamma Al Mazrui, minister rozwoju społeczności ZEA, została mianowana nową przewodniczącą rady powierniczej. Obawy dotyczące uczciwości akademickiej, przejrzystości i plagiatu na Uniwersytecie Zayeda są nieustanne, pojawiły się pytania o słabe kwalifikacje akademickie i brak międzynarodowego doświadczenia wśród nowego kierownictwa.