Tego samego dnia jego brat, Yussef, został zabity przez dżandżawidów w Południowym Darfurze, co uznano za celowy atak.
Na mocy porozumienia DPA, Minnawi objął stanowisko Starszego Asystenta Prezydenta Sudanu (czwartą najważniejszą funkcję w państwie) oraz przewodniczącego Tymczasowej Władzy Regionalnej Darfuru (TDRA). Mimo podpisania pokoju, sytuacja bezpieczeństwa pogorszyła się. Krótko po zawarciu umowy, siły lojalne wobec Minnawiego przeprowadziły ofensywę w Północnym Darfurze, dopuszczając się brutalnych czynów, w tym egzekucji i gwałtów, w walce o terytorium z innymi frakcjami. Ostatecznie Minnawi zaniedbał swoją rolę w strukturach rządowych i w 2010 roku wznowił rebelię przeciwko Chartumowi.
Powrót do polityki i funkcja gubernatora W październiku 2020 roku Minnawi był jednym z sygnatariuszy Porozumienia Pokojowego z Dżuby. W ramach realizacji postanowień tego układu, 29 kwietnia 2021 roku premier Abd Allah Hamdok mianował go gubernatorem regionu Darfur. Uroczysta inauguracja odbyła się 10 sierpnia 2021 roku w Al-Faszir. Jako gubernator Minnawi deklarował, że jego misją jest pojednanie, powrót uchodźców oraz przyciągnięcie inwestorów do regionu.