24 lutego 1942 r. norwescy biskupi, w tym Berggrav, zrezygnowali z pełnionych funkcji państwowych w proteście przeciwko reżimowi nazistowskiemu. Kiedy Berggrav został aresztowany w kwietniu 1942 r., pojawiły się pogłoski, że grozi mu kara śmierci. Jednak po kilku dniach uwięzienia został przeniesiony do własnej chaty w Asker, gdzie był internowany przez trzy lata, aż do przeprowadzonej w kwietniu 1945 r. ucieczki, której dopuścił się, aby uniknąć ewentualnych represji ze strony nazistów w końcowej fazie wojny. W okresie internowania udało mu się jednak utrzymać kontakt z ruchem oporu, a poza tym wykorzystał ten czas na pracę badawczą i napisanie kilku książek.
Okres powojenny Po zakończeniu wojny w 1945 roku został przewodniczącym komisji ds. organizacji kościelnej i odegrał znaczącą rolę w reformie Kościoła Norwegii.
W 1947 r. otrzymał Wielki Krzyż Orderu Świętego Olafa, a także Wielki Krzyż szwedzkiego Orderu Gwiazdy Polarnej, Order Lwa Finlandii i holenderski Order Oranje-Nassau. W 1953 roku otrzymał niemiecką Hanzeatycką Nagrodę Goethego.