Od początku starano się zabezpieczać infrastrukturę przed skutkami intensywnych opadów śniegu i lawin budowlami ochronnymi, w tym galeriami. 10 maja 1955 roku zawalił się most Wilerbrücke nad Furkareuss, odbudowany 8 września 1955 roku. Nie zawsze udawało się utrzymać ruch, a 15 maja 1965 roku lawina zmiotła pociąg z pługiem śnieżnym koło stacji Gletsch (zginęły trzy osoby). W celu umożliwienia całorocznego operowania, w 1973 roku przystąpiono do przebijania u podnóża przełęczy Furka o długości 15,4 km (między stacjami Oberwald i Realp), który przebito w 1981 roku i uruchomiono 25 czerwca 1982 roku. Ostatni pociąg starą trasą przejechał już wcześniej 11 października 1981 roku. Przystąpiono następnie do rozbiórki starego torowiska na przełęczy Furka, które jednak ostatecznie zachowano z inicjatywy miłośników kolei, a następnie uruchomiono tam kolej muzealną Dampfbahn Furka-Bergstrecke.
1 stycznia 2003 roku doszło do połączenia kolei FO z koleją Brig-Visp-Zermatt-Bahn (BVZ), w wyniku czego powstała kolej Matterhorn Gotthard Bahn (MGB), w ramach holdingu BVZ Holding AG.