W 1610 oddał na wychowanie Indianom Étienne Brûlé’a, pierwszego coureur des bois.
Początki Nowej Francji (1612–1663) thumb|upright=1.4|Mapa Nowej Francji wykonana przez Samuela Champlaina w 1612 W 1612 Samuel de Champlain uzyskał nominację na generała-porucznika Nowej Francji.
Kolonia od początku borykała się z problemami jak mała liczba osadników (przed 1615 było ich około 50), surowy klimat, wrogość plemion irokeskich oraz niechęć drobnych towarzystw handlowych, widzących w kolonistach konkurencję. Podstawowym źródłem utrzymania Nowej Francji był handel futrami. W 1615 do Nowej Francji przybyli pierwsi misjonarze (franciszkanie). W latach 1615–1616 Champlain wyruszył na kolejną wyprawę badawczą, docierając do Jeziora Huron i Ontario; przy okazji dokonał wspólnie z Huronami nieudanego ataku na osadę irokeskich Seneków. W 1625 Champlain zaprosił do Nowej Francji misję jezuicką. W 1627 z inicjatywy kardynała Armanda Richelieu powstała Kompania Stu Wspólników, która w 1628 została usankcjonowana przez króla Ludwika XIII. Kompania na 15 lat otrzymała wyłączność na handel z Kanadą. Wspólnicy w zamian mieli sprowadzić osadników i dbać o rozwój kolonii, jednocześnie pozwolono osiedlać się tylko katolikom, a zamieszkujący Nową Francję hugenoci mieli przejść na katolicyzm.