Misja w Albanii W 1941, na polecenie Komitety Centralnego KPJ razem z Miladinem Popoviciem został skierowany do Albanii, gdzie miał zająć się organizowaniem albańskiej partii komunistycznej. Po raz pierwszy Mugoša pojawił się w Tiranie z krótką wizytą w sierpniu 1941. 8 listopada 1941 uczestniczył w zebraniu założycielskim Komunistycznej Partii Albanii (KPA). W tym czasie posługiwał się pseudonimem Ali Gostivari i Sali Murat. W 1942 zajął się organizowaniem młodzieżówki komunistycznej w Albanii, a także tworzeniem pierwszych oddziałów zbrojnych KPA. Dušan Mugoša był osobiście odpowiedzialny za pierwsze czystki personalne w KPA. W czasie pobytu w Albanii organizował szkolenia ideologiczne dla kierownictwa KPA. W opinii Aleksandara Životicia, Mugoša odegrał decydującą rolę w karierze Envera Hodży, który był jego ulubieńcem i to Mugoša przeforsował jego kandydaturę na komendanta Armii Narodowo-Wyzwoleńczej, mimo braku kwalifikacji wojskowych Hodży. Po utworzeniu w sierpniu 1943 1 Brygady Uderzeniowej Armii Narodowo-Wyzwoleńczej, Mugoša objął w niej stanowisko komisarza. W kwietniu 1944 opuścił terytorium Albanii i przedostał się do Kosowa, gdzie zajął się tworzeniem nowych brygad partyzanckich.