Z zapisów Jana Długosza wynika, że pierwsza stała osada została założona w XI wieku przez Gedkę herbu Gryf. Prawdopodobnie był on fundatorem kościoła, którego istnienie odnotowano po raz pierwszy w 1272 (jest to najstarszy dokument potwierdzający istnienie Gdowa). Gdy siła Gryfitów zaczęła słabnąć Gdów dostał się we władanie Drużynów, co miało miejsce ok. 1270. Na rozwój Gdowa miało zasadniczy wpływ jego położenie na skrzyżowaniu szlaków kupieckich prowadzących na Węgry (obecnie Kraków – Limanowa) i Bochnia – Myślenice. Mieszkańcy średniowiecznego Gdowa zajmowali się rybołówstwem, rzemiosłem i kupiectwem. Rozwój osady był hamowany przez przepływającą od południa Rabę, która często występowała z brzegów, niszcząc zabudowę.

W 1417 przez Gdów przeszedł orszak Władysława Jagiełły zmierzający z Halicza do Niepołomic. W 1444 król Władysław Warneńczyk jako wotum dziękczynne nadał gdowskiemu kościołowi pw. Najświętszej Marii Panny prawo dożywotniego czerpania dochodu, które jest przypisane do zajmowania określonego urzędu kościelnego i nosi nazwę beneficjum (prawa tego przestrzegano jeszcze w XIX wieku). Legenda głosi, że król zgubił podczas polowania drogę do zamku w Niepołomicach, uratowała go Matka Boża Gdowska, która wskazała mu prawidłowy kierunek jazdy. Gdów został przez króla przekazany sekretarzowi dworu Fihauserowi.