Obrona godności i dobrego imienia ludzi szkalowanych, poniżanych i krzywdzonych z powodu ich przekonań, wyznania religijnego czy statusu społecznego. Dokumentowanie wkładu Żydów polskich w dorobek Polski, jej dziedzictwa kulturowego, nauki, gospodarki oraz innych dziedzin życia materialnego i duchowego. Proeuropejska działalność edukacyjno-oświatowa, związana z tworzeniem sieci szkół Jana Karskiego na różnym poziomie edukacji oraz innych placówek naukowo-badawczych. Działalność wydawnicza oraz podejmowanie innych form działalności gospodarczej. Ścisła współpraca ze strukturami unii europejskiej oraz placówkami państw USA i Izraela. Przyznawanie Nagrody Orła Jana Karskiego, którą sam prof. Jan Karski ustanowił z życia. Kultywowanie świąt i rocznic związanych z prof. Janem Karskim oraz jego biografią m.in. rzeczywistej daty urodzin, święta patrona św. Jana Chrzciciela 24 czerwca, daty śmierci 13 lipca oraz 5 maja – daty pierwszego spotkania Grupy Bildelbergu, co profesor uważał za początek drogi do Zjednoczonej Europy.
Działalność Towarzystwo Jana Karskiego jest najbardziej znane z przyznawanej nagrody Orły Jana Karskiego. Podejmowało jednak wiele inicjatyw związanych z realizacją celów statutowych.
Niektóre z nich: