„Nowe” powołanie matki Teresy zostało jednak wystawione na próbę, ponieważ miejscowy arcybiskup Périer zdecydował, że nie zatwierdzi prośby zakonnicy „wcześniej niż za rok”. W styczniu 1948 roku zezwolono matce Teresie ubiegać się o pozwolenie opuszczenia zakonu loretanek. Najpierw zwróciła się z tą prośbą do matki generalnej zgromadzenia w Rathfarnham w Irlandii. Przełożona zgodziła się i poleciła matce Teresie zwrócić się o indult eksklaustracji do Kongregacji w Rzymie. Mimo to matka Teresa prosiła Stolicę Apostolską o indult sekularyzacji, gdyż nalegał na to arcybiskup Périer. 12 kwietnia 1948 roku Kongregacja ds. Rozkrzewiania Wiary wydała dekret o eksklaustracji matki Teresy, ważny przez rok.
Swą pracę misyjną z ubogimi ze slumsów rozpoczęła w sierpniu 1948, zamieniając habit Instytutu Błogosławionej Dziewicy Maryi na białe bawełniane sari z niebieską obwódką. Przyjęła wtedy obywatelstwo indyjskie. Początkowo założyła szkołę w Motijhil i wkrótce rozpoczęła udzielanie pomocy ubogim i głodującym. Szybko została zauważona przez indyjskich urzędników oraz premiera Indii.