W styczniu, gdy zaczęły się aresztowania wśród działaczy KZPL, wróciła do Wólnego, aby ostrzec członków tamtejszej komórki oraz ukryć materiały konspiracyjne. Nie podjęła próby ukrycia się w obawie przed ewentualnymi represjami jakie mogły zostać wymierzone w jej rodzinę. Została aresztowana 3 lutego 1941 we Włocławku u swojej siostry, Heleny Rucińskiej, która była członkinią KZPL. Więziona była we Włocławku, a następnie na Błoniach w Inowrocławiu (Więzienie Policji Bezpieczeństwa i Obóz Pracy Wychowawczej).
Na początku października 1941 została przewieziona do więzienia sądowego w Zwickau w Saksonii, gdzie była osadzona w pojedynczej celi. Prokuratura przy Wyższym Sądzie Krajowym Kraju Warty, zaliczyła ją do grupy A, obejmującej siedmiu głównych oskarżonych – przywódców organizacji. 13 października 1942 została skazana wraz z Janiną Lech i Wandą Daszkowską na karę śmierci przez Wyższy Sąd Krajowy w Poznaniu na sesji wyjazdowej w Dreźnie. 27 października 1942 Wyższy Sąd Krajowy w Poznaniu na rozprawie w Görlitz, odrzucił apelację Wojdyłło od wyroku. Wyrok śmierci na Henryce Wojdyłło został wykonany przez zgilotynowanie przed 28 listopada 1942 w Poznaniu.
Upamiętnienie