Dzięki współpracy z innymi grupami naukowców w Stanach Zjednoczonych zidentyfikowano bardziej wydajne szczepy i wyprodukowano wystarczającą ilość penicyliny, aby udostępnić ją wojskom alianckim przed lądowaniem w Normandii.
Po wojnie Raper pozostał w Peorii, gdzie łączył pracę dydaktyczną z nauczaniem na Uniwersytecie Illinois w Urbana-Champaign. W 1953 roku wraz z rodziną przeniósł się do Madison w stanie Wisconsin i rozpoczął pracę na Uniwersytecie Wisconsin-Madison. Prowadził tu m.in. badania nad śluzowcami z rodziny Dictyosteliaceae. W 1979 roku w stopniu profesora przeszedł na emeryturę.
Raper najbardziej znany jest ze swoich prac nad trzema grupami organizmów. W 1945 roku, wspólnie z Charlesem Thomem, wydał podręcznik „Manual of the Aspergilli”, w którym opublikował ich wcześniejsze prace na temat rodzaju Aspergillus. Odegrał kluczową rolę w badaniu wielu szczepów Penicillium i ich zastosowania w produkcji penicyliny, opisał również śluzowca Dictyostelium discoideum, który stał się organizmem modelowym do badań naukowych.