W 1876 roku został mianowany botanikiem Gujany Brytyjskiej, ale zanim do niej wypłynął, uzyskał wysokie stanowisko profesora botaniki na Uniwersytecie w Aberdeen. Objął je jesienią 1877 roku. W 1893 roku został wybrany członkiem Królewskiego Towarzystwa Londyńskiego. Był również aktywnym członkiem Klubu Cairngorm. W 1895 roku mieszkał w Aberdeen, niedaleko uniwersytetu. Zmarł 18 września 1919 roku po krótkiej chorobie i został pochowany na północnej stronie katedry św. Machara w Aberdeen. Ku jego pamięci poświęcony jest jeden z witraży tej katedry.
Oprócz gatunków z krajów tropikalnych, Trail opisywał także w „Annals of Scottish Natural History” gatunki roślin i grzybów w Szkocji na terenach granitowych i łupkowych. Opracował metodę chemiczną wykorzystującą wrzący roztwór octanu miedzi w kwasie octowym do utrwalania chlorofilu, co pozwoliło na trwałe zachowanie naturalnych barw roślin po ich wysuszeniu w zielnikach lub konserwacji w alkoholu. W okresie, gdy był profesorem botaniki na Uniwersytecie w Aberdeen, utworzył uniwersytecki zielnik zawierający jego okazy oraz te przekazane przez jego kolegę George’a Nicolsona, byłego kustosza Kew Gardens. Zgromadził również kolekcję grzybów, był autorem prac naukowych i wygłaszał liczne prelekcje.