Klasztor został zniszczony podczas wojny trzydziestoletniej. W 1631 roku książę Maksymilian I Bawarski i feldmarszałek Johann T’Serclaes von Tilly stworzyli okopy w pobliżu klasztoru, a w kwietniu kwietniu 1632 zakonnice ewakuowały się do Klasztoru Raitenhaslach podczas bitwy pod Rain. Siostry wróciły do Niederschönenfeldu w 1634 roku, lecz po ponownym zbliżeniu się wojsk szwedzkich zdecydowały się go opuścić. Wedle legendy zniszczenie kompleksu w 1646 roku przetrwał krzyż schowany przez siostrę Evę w kuchni klasztornej, a zapalona przez nią lampa oliwna wciąż się paliła. Odnalezienie krzyża przyciągnęło tu rzeszę pielgrzymów, opisano wówczas ok. 2000 niewytłumaczonych uzdrowień.
Odbudowę rozpoczęto w 1658 roku, staraniem ksieni Euphemii Vatigi von Kronburg. Projektantem nowego kościoła klasztornego został , który wykonał również dekorację stiukową. W 1663 roku książę ufundował ołtarz główny, w którym złożono relikwie Krzyża Prawdziwego. W 1674 roku ukończono budowę trzech skrzydeł klasztornych. W 1683 roku wykonał wczesnobarokowe, 13-głosowe organy. 27 czerwca 1743 Niederschönenfeld był miejscem podpisania traktatu pokojowego, który przypieczętował wycofanie wojsk Karola VII z Bawarii i przejęcie placówki pod administrację austriacką na następne dwa lata.