Wyspa stała się wówczas najważniejszym ośrodkiem kultury suahili i centrum polityczno-handlowym regionu.
W XVII i XVIII wieku rozwijał się tutaj handel niewolnikami, którzy byli wysyłani do pracy w rolnictwie w Arabia, Persji, Indiach i na Dalekim Wschodzie, a także na plantacjach trzciny cukrowej na Mauritiusie i Reunionie. Do 1873 roku, kiedy handel niewolnikami został zakazany, z głębi lądu wywieziono około 15 milionów osób, z czego jedynie około 1,5 miliona dotarło do wybrzeża; pozostali zginęli w trakcie transportu.
Ekspansja brytyjska i niemiecka Dominacja Zanzibaru okazała się jednak krótkotrwała. Wkrótce na wybrzeżu obecnej Tanzanii pojawili się Brytyjczycy, którzy stopniowo uzyskali decydujący wpływ na dwór sułtana. Próby uniezależnienia się władców Zanzibaru spotykały się z bezpośrednią interwencją militarną, w tym z bombardowaniem miasta. W tym okresie z Zanzibaru i wybrzeża do wnętrza Tanganiki wyruszali liczni europejscy badacze, m.in. David Livingstone, Henry Morton Stanley, Richard Francis Burton oraz John Hanning Speke. W arabskim posterunku handlowym Ujiji nad jeziorem Tanganika doszło do słynnego spotkania Livingstone’a ze Stanleyem.