W pierwszej części szóstego sezonu Tony zostaje postrzelony przez swojego wuja Juniora, starego i zdezorientowanego. Po postrzale Tony przeżywa dziwne doświadczenia podczas śpiączki. Zmienia to jego poglądy i zachowanie. Jednakże na jego głowę spada coraz więcej spraw związanych z interesami. Christopher Moltisanti po zawarciu związku małżeńskiego i kupieniu nowego domu zakochuje się (oraz wraca do narkotyków) w pięknej kobiecie, agentce nieruchomości, która podoba się także Tony’emu. Vito Spatafore okazuje się gejem i Tony czuje impuls, żeby podzielić się tą informacją, przez Phila Leotarda, z nowym bossem Nowego Jorku, Johnnym Sackiem, będącym w więzieniu. Kiedy Tony nie podejmuje żadnej akcji w tej sprawie, Phil zabija Spataforego. Rodzina przestępcza Tony’ego w odwecie zabija jednego z członków mafii nowojorskiej, po czym rodziny są na krawędzi wojny.
Symbolika Sny Jednym z unikatowych aspektów serialu jest przedstawienie snów. Są one użyte w nietypowy sposób, przedstawiane za pomocą intensywnej symboliki tak, aby przekazać, co bohaterowie (najczęściej Tony) myślą i czują. Najbardziej znane sny przedstawiają Tony’ego rozmawiającego z Big Pussym, ukazanym jako ryba;