Jonatan Kotzke (ur. 18 marca 1990 w Pinnebergu) – niemiecki piłkarz występujący na pozycji obrońcy lub pomocnika.
Kariera klubowa Kotzke grę w piłkę nożną rozpoczął w amatorskim klubie TSV 1946 Altenberg. W 2001 roku przeniósł się do akademii 1. FC Nürnberg. W rundzie jesiennej sezonu 2008/09 włączono go do składu drużyny rezerw, grającej w Regionallidze Süd. 17 października 2008 zanotował swój pierwszy występ na poziomie seniorskim przeciwko SSV Ulm 1846 (0:3). W przerwie zimowej sezonu 2008/09 wraz z pierwszą drużyną wziął udział w obozie przygotowawczym w Belek, po czym powrócił on do rezerw. W czerwcu 2009 roku, niedługo po awansie 1. FC Nürnberg do Bundesligi, podpisał z tym klubem profesjonalny kontrakt, jednak przez kolejne 2 lata występował jedynie w drugim zespole.
Latem 2011 roku Kotzke odszedł do TSV 1860 Monachium II (Regionalliga Süd). Wkrótce po tym rozpoczął przygotowywania do nowego sezonu z pierwszym zespołem i był w kadrze meczowej podczas 5 pierwszych kolejek 2. Bundesligi. W pierwszej drużynie zaliczył on 1 występ w ligowym meczu z SC Paderborn 07 (2:2), większą część sezonu 2011/12 spędzając w rezerwach. W maju 2012 roku odrzucił on ofertę nowego kontraktu i opuścił klub.