Popularność grupy rosła, zespół grał wiele koncertów, na których dochodziło do incydentów. We wrześniu 1968, podczas jednego z koncertów w Amsterdamie, występ odwołano z powodu zapaści lidera zespołu, spowodowanej zażyciem haszyszu popitego alkoholem.
1969: The Soft Parade W 1969 roku grupa podjęła próby zmiany stylu swojej muzyki poprzez aranżacje orkiestrowe i wprowadzenie sekcji instrumentów dętych na płycie The Soft Parade. Jednak na wczesnym etapie produkcji zaniechano wprowadzania zmian.
Podczas tournée grupy doszło do incydentu z Jimem Morrisonem w roli głównej. W czasie koncertu 1 marca 1969 w Miami Morrison według sądu miał sprośnie i lubieżnie zachowywać się w miejscu publicznym poprzez obnażanie się, symulowanie masturbacji i oralnego seksu. Naraził się w ten sposób wielu organizatorom koncertów. Planowanie dalszych koncertów stawało się niemożliwe z powodu konieczności stawiania się na rozprawach. W kwietniu tego samego roku został aresztowany przez FBI pod zarzutem próby umknięcia sądowi w Miami. Sprawę jednak umorzono z powodu braku dowodów. W 2010 został pośmiertnie ułaskawiony na wniosek ówczesnego gubernatora Florydy Charliego Crista.