Nagle atakują drony Doktora Ivo Robotnika i poważnie ranią Waltersa, który przed swoją śmiercią daje Sonicowi kartę-klucz. Trójka bohaterów postanawia szukać Shadowa na własną rękę. Gdy Rockwell odkrywa, że karta-klucz została zabrana, zwraca się przeciwko nim. Drużyna Sonica spotyka na swojej drodze asystenta Ivo, Agenta Stone'a, który zaprzecza odpowiedzialności za atak na Waltersa. Bohaterowie łączą siły z Ivo w celu odnalezienia ukradzionych dronów, ruszając do opuszczonej placówki G.U.N. Gdy Shadow porywa Stone'a i drużynę Sonica, Ivo spotyka się z Geraldem – jego dawno zaginionym dziadkiem oraz osobą odpowiedzialną za ucieczkę Shadowa i kradzież dronów. Gerald wyjaśnia, że karta-klucz jest jedną z dwóch wymaganych do aktywacji Armaty Zaćmienia, orbitującej laserowej broni kosmicznej, którą zaprojektował dla G.U.N. Gerald twierdzi, że planuje za jej pomocą zniszczyć siedzibę G.U.N. w Londynie, a Ivo postanawia do niego dołączyć. Shadow zabiera kartę-klucz od Tailsa i aktywuje czarną dziurę w celu zniszczenia bazy, podczas gdy on, Ivo, Gerald oraz Stone uciekają.