W tym samym roku uczestniczył w obradach Okrągłego Stołu jako przedstawiciel strony opozycyjnej (wraz z Wojciechem Wróblewskim upoważniony do reprezentowania ZHR), biorąc udział w pracach podzespołu do spraw młodzieży oraz grupy do spraw stowarzyszeń i samorządu terytorialnego. Jednym z czołowych zagadnień, które poruszał podczas obrad, była kwestia monopolu ówczesnego, kontrolowanego przez władze komunistyczne, ZHP na symbole harcerskie. Po rozmowach, mimo sprzeciwu strony opozycyjnej, uprzywilejowany status ZHP potwierdzono w nowej ustawie Prawo o stowarzyszeniach, przyjętej 7 kwietnia 1989 r. (czyli w dzień po podpisaniu Porozumień Okrągłego Stołu). Jednak już w lutym 1990 na drodze nowelizacji ustawy zapis ten zniesiono.
Członek Rady Naczelnej ZHR w kadencji 1989–1991. Legalnym wydawnictwem będącym kontynuacją opozycyjnego Niezależnego Wydawnictwa Harcerskiego kieruje do dziś.
Wykształcenie i działalność zawodowa Marek Frąckowiak ukończył studia na Uniwersytecie Wrocławskim na kierunku nauki polityczne oraz na Uniwersytecie Warszawskim na kierunku historia (1983).