W 1965 roku do Sulejówka przybył ks. Wacław Koryś, który podjął się organizacji parafii oraz realizacji budowy. Projekt architektoniczny opracował Władysław Pieńkowski. W pierwszej kolejności wykończono dolny kościół, poświęcony przez kard. Stefana Wyszyńskiego. Konsekracji górnej świątyni pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny Matki Kościoła dokonał 15 maja 1983 roku kard. Józef Glemp.
Po śmierci ks. Wacława Korysia w 1993 roku proboszczem został ks. Jan Gołębiewski. W 1995 roku w dolnym kościele umieszczono XVII-wieczny obraz Madonny z Dzieciątkiem, poddany konserwacji w Muzeum Narodowym w Warszawie. Wizerunek, nazwany Matką Bożą Pocieszenia, został uroczyście intronizowany 7 września 1995 roku, a trzy lata później koronowany przez bp Kazimierz Romaniuk. Rozwijający się kult sprawił, że świątynia zyskała rangę sanktuarium Matki Bożej Pocieszenia.
W 2003 roku utworzono dekanat Sulejówek. W kolejnych latach przy kościele ustawiono pomniki Jana Pawła II oraz kard. Stefana Wyszyńskiego. W 2016 roku parafia gościła pielgrzymów podczas Światowych Dni Młodzieży.
Architektura i wyposażenie Świątynia jest budowlą dwupoziomową (kościół dolny i górny).