Z czasem miasto uzyskało kolejne przywileje: warzenia piwa oraz solny.
Miasto rozkwitało od połowy XVI stulecia dzięki Zachariaszowi z Hradca. Miasto i zamek zostały przebudowane z udziałem włoskich architektów. Powstał miejski wodociąg. Założono szpital, gildie, nowe stawy. Po bezpotomnej śmierci Zachariasza miejscowość przechodzi w 1604 we władanie Wilhelma Slawaty, męża dziedziczki Łucji Otylii. W czasie wojny trzydziestoletniej miasto znacznie ucierpiało, m.in. splądrowane w 1645 przez Szwedów.
W 1655 w mieście osadzono jezuitów, którzy zbudowali kościół Imienia Jezus (1667) oraz przebudowali część starych budowli. Pod ich auspicjami powstało łacińskie gimnazjum, szkoła muzyczna, apteka i obserwatorium meteorologiczne.
Po wygaśnięciu Slawatów od 1712 miasto przechodzi najpierw w ręce rodu Lichtenstein-Kastelkorn, a następnie jego dziedziców pieczętujących się podwójnym herbem Podstatský-Lichtenstein, w których władaniu pozostanie aż do 1945 roku. Po powstaniu styczniowym władze austriackie internowały w Telczy polskich powstańców, którzy przekroczyli granice cesarstwa. Trzech z nim zmarło i zostało pochowanych na miejscowym cmentarzu. W 2018 r. odsłonięto upamiętniające ich tablice. Od 1898 roku przez miasto przechodzi kolej z Jihlavy do Schwarzenau w Dolnej Austrii.