Po tym jak Kondō poddał się armii cesarskiej i został stracony w kwietniu 1868, Hijikata poprowadził Shinsengumi w ostatniej bitwie przeciwko zabójcom swojego towarzysza. Zdawał sobie sprawę, że walka jest przegrana. Znajomemu lekarzowi powiedział: "Nie przystępuję do bitwy, żeby wygrać. Rząd Tokugawów upada i byłoby hańbą, gdyby nie było nikogo, kto nie poszedłby na dno razem z nim. Dlatego muszę iść. Będę walczył w najlepszej bitwie swojego życia, żeby umrzeć za kraj."
Zginął 11 maja 1869, zabity na koniu przez kulę, która strzaskała dolną część pleców. Miejsce pochówku nie jest znane. Kamień pamiątkowy znajduje się z pobliżu stacji Itabashi w Tokio, obok Isami Kondō.
Wiersz śmierci powierzony Tetsunosuke Ichimurze krótko przed śmiercią Hijikaty:
W kulturze popularnej Historia Hijikaty i Shinsengumi jest w kulturze japońskiej bardzo popularna. Hijikata występuje w licznych książkach, mangach, anime oraz filmach i serialach. W Japonii jest wiele jego fanklubów.