Kariera reprezentacyjna Ze względu na haitańskie pochodzenie Wilson Isidor jest związany z Haiti, ale na poziomie młodzieżowym reprezentował Francję. Należał do rocznika 2000 prowadzonego przez Lionela Rouxela, a jego kolegami z drużyny byli między innymi Aurélien Tchouaméni, Amine Gouiri, Sofiane Diop, Yacine Adli, Maxence Caqueret i Benoît Badiashile.
W maju 2017 roku wystąpił na mistrzostwach Europy U-17, pełniąc rolę rezerwowego. Francja odpadła w ćwierćfinale, ale wywalczyła awans na mundial U-17. Turniej odbył się w październiku 2017 roku w Indiach. Isidor zdobył dwie bramki w fazie grupowej, jednak reprezentacja Francji odpadła w 1/8 finału po porażce z Hiszpanią.
Na krótko przed pierwszymi minutami w zawodowej piłce błysnął także w reprezentacji Francji U-19, strzelając hat-tricka w debiucie przeciwko Armenii w wygranym 4:0 meczu towarzyskim. W lipcu 2019 roku wystąpił na mistrzostwach Europy U-19.