W różnych skalnych wąwozach powstały pseudokrasowe jaskinie, które oprócz ciekawej fauny zawierają również znaleziska archeologiczne z epoki brązu.

Historia mały|Widok na Betlémské skály będące częścią parku przyrodniczego Klokočské skály. Według badań archeologicznych pierwsze osadnictwo na terenie Klokočské skály datuje się na neolit i eneolit (6.–3. tysiąclecie p.n.e.). Kolejne osadnictwo jest znane dzięki znaleziskom ceramicznym z jaskiń Postojna i Jislova, pochodzącym z młodszej epoki brązu (12.–9. wiek p.n.e.).

Pierwsza osada w Klokočí została założona już w połowie XIII wieku. W tym samym czasie zbudowano również zamek Rotštejn, znany wówczas jako Rothenstein. Zamek został jednak spalony przez husytów w 1426 i wkrótce potem całkowicie opuszczony. Nad zamkiem znajdowała się wieś Dřevolizy, która zanikła nieco później niż sam zamek, około 1600. Ciągłe zalesienia pralasu były już w tym czasie zakłócane, ale skład gatunkowy nie zmienił się znacząco.

W XVI wieku intensywnie wykorzystywano drewno dla huty szkła w pobliskiej Malá Skála. Od XVII wieku na terenie obecnego rezerwatu wprowadzono nasadzenia modrzewi, a od drugiej połowy XIX wieku również innych obcych gatunków drzew, w tym inwazyjnej sosny wejmutki.