Zgodnie więc z zasadą prawną ex iniuria ius non oritur („z bezprawia nie powstaje prawo”), uznającą epokę sowiecką za okres bezprawnej okupacji, po odzyskaniu niepodległości obywatelstwo zostało przydzielone tylko osobom, które posiadały obywatelstwo estońskie przed 16 czerwca 1940 roku oraz ich potomkom, co odpowiadało około 2/3 populacji. Reszta uzyskała status osoby o niezdefiniowanym obywatelstwie i mogła uzyskać obywatelstwo estońskie drogą naturalizacji.
Wyjątkowo jednak nadano obywatelstwo estońskie około 24 tys. Rosjan, którzy zadeklarowali się jako obywatele estońscy na listach sporządzanych przez tzw. Komitet obywateli estońskich przed 24 lutego 1990 roku, czyli przed dniem wyborów do .
W 1995 roku uchwalono nową ustawę o obywatelstwie, która do podstawowych wymogów naturalizacji dodała egzamin sprawdzający znajomość konstytucji Estonii, ustawy o obywatelstwie oraz zaostrzyła wymagania dotyczące znajomości języka estońskiego, eliminując wpływ subiektywnego podejścia komisji egzaminacyjnej na wynik egzaminu. Ustawa ta była wielokrotnie nowelizowana.