Wiosną 1940 roku podczas likwidacji obozu, większość więźniów (ok. 4400 osób) została przetransportowana pociągami więziennymi w łącznie 18 partiach od stacji w Kozielsku do stacji w GniezdowieObecnie tereny stacji wchodzą w skład miasta Smoleńsk., a następnie wywieziona autobusami więziennymi typu „czornyj woron” do ośrodka wypoczynkowego dla pracowników Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku na terenie i przez miejscowych i przybyłych funkcjonariuszy NKWD, poprzez strzał w tył głowy. Zamordowani zostali pochowani w ośmiu masowych grobach.
W połowie maja 1940 roku obóz w Kozielsku opustoszał. W czerwcu 1940 roku związku z anektowaniem przez ZSRR krajów bałtyckich i przejęciem przez NKWD internowanych w tych państw polskich oficerów i szeregowych żołnierzy zorganizowany został drugi obóz jeniecki w Kozielsku (tzw. Kozielsk II). W dniach 13 do 15 lipca 1940 roku przewieziono tu ok. 2533 internowanych polskich żołnierzy z Litwy, a na przełomie sierpnia i września ok. 374 z Łotwy. Na przełomie czerwca i lipca 1941 roku, wskutek ataku III Rzeszy na ZSRR, ok. 1200 polskich oficerów ewakuowano z Kozielska do obozu jenieckiego w Griazowcu.