Endemit Indonezji.
Gatunek, opisany z wysokości 700 m nad poziomem morza, występuje prawdopodobnie także na wysokościach wyższych.
W kulturze Nie ma informacji wskazujących, by bezogoniec jawajski był obiektem ludzkich polowań, handlu ani by był w inny sposób wykorzystywany.
Zagrożenia i ochrona IUCN uznaje gatunek za narażony na wyginięcie. Po raz pierwszy uwzględniła gatunek w 1988, uznając go za niewystarczająco znany, co powtórzono 2 lata później. W 1994 gatunek uznano za rzadki, a 1996 za narażony na wyginięcie, co powtórzono w kolejnych ocenach w 2008 i 2021. Spełnia kryteria takiej klasyfikacji, jako że populacja tego gatunku spadła o 30% w ostatnich 15 latach.
Jego całkowita liczebność spada. Wpływa na to niszczenie jego siedlisk poprzez wylesianie i górnictwo. IUCN przewiduje dalszy spadek liczebności bezogońca jawajskiego, chyba że ustałyby rzeczone zagrożenia. Jego populacja jest podzielona na 3 wyspy, aczkolwiek leżące blisko siebie.
Nie prowadzi się żadnych działań zmierzających do ochrony tego właśnie gatunku, niemniej zasiedla on pewne tereny objęte ochroną prawną.