29 sierpnia 1541 roku Budę zdobyli Turcy na czele z sułtanem Sulejmanem Wspaniałym. W czasie tureckiej okupacji była to jedyna świątynia chrześcijańska w Budzie, z której na równi korzystali zarówno katolicy, jak i protestanci. W późniejszym okresie kościół został odebrany chrześcijanom i w 1594 roku przekształcony w świątynię muzułmańską. Znajdował się w nim wówczas zegar wieżowy wzywający wiernych do modlitwy.
2 września 1686 roku Buda została wyzwolona przez siły chrześcijańskie pod dowództwem księcia Karola V Leopolda Lotaryńskiego i elektora bawarskiego Maksymiliana Emanuela. Kościół uległ poważnym uszkodzeniom podczas oblężenia, ponieważ broniący się Osmanowie rozmieścili jedną ze swoich baterii na balkonie wieży. Budynek następnie przekazano franciszkanom i rozpoczęto jego odbudowę – kamień węgielny położono 18 kwietnia 1717 roku. Miał on podobną orientację jak poprzedni, ale był szerszy, a jego fundamenty wykorzystano wyłącznie pod prezbiterium. Nowy kościół, nazwany imieniem św. Jana Ewangelisty, został konsekrowany 8 lutego 1733 roku.