Początkowo było to odzwierciedleniem narastającego kryzysu w stosunkach między Związkiem Radzieckim a Jugosławią, ale później, za sprawą aktywnej roli doradców radzieckich, oskarżenia o nacjonalizm burżuazyjny pojawiły się również w Czechosłowacji. Były wymierzone w grupę słowackich komunistów, którzy mieli głębsze zrozumienie dla niepodległości Słowacji jeszcze od lat 30. XX wieku i reprezentowali własną linię polityczną podczas Słowackiego Powstania Narodowego. Służba Bezpieczeństwa Państwowego zaczęła gromadzić materiały przeciwko niektórym działaczom. W marcu 1950 roku kampania przeciwko nacjonalizmowi burżuazyjnemu weszła w ostrą fazę, gdy Vladimír Clementis został odwołany ze stanowiska ministra spraw zagranicznych Czechosłowacji. Zaczęły pojawiać się również sygnały rychłego upadku Šmidkego. 31 marca 1950 r. Šmidke zrezygnował ze stanowiska szefa wydziału kadrowego Komitetu Centralnego Komunistycznej Partii Republiki Słowackiej. W kwietniu 1950 r. Viliam Široký ostro skrytykował grupę działaczy słowackich, do której zaliczał się też Šmidke, za „uleganie burżuazyjnemu nacjonalizmowi”. Na IX Zjeździe Komunistycznej Partii Słowacji w maju 1950 r., otwarcie dyskutowano o rzekomych błędach Šmidkego. Šmidke złożył samokrytykę, co nie uratowało go przed upadkiem.