Ponadto publicznie okazywał negatywną i pogardliwą postawę wobec uczniów z Polski i wobecpolskiej Akademii Krakowskiej. Nawet po upomnieniu przez biskupa Hozjusza nie zmienił swojej postawy. Skutkiem jego postępowania była secesja młodzieży polskiej pochodzącej z Korony, szkoła stanęła przez widmem klęski. Uczniowie z głębi Korony zaczęli opuszczać Braniewo, co groziło katastrofą przedsięwzięcia. Zaalarmowany generał jezuitów Franciszek Borgiasz przysłał do Braniewa wizytatora w osobie Franciszka Sunyera. W styczniu 1566 Hagenau został odsunięty od prowadzenia zajęć z uczniami i pozostawiono mu jedynie funkcję prefekta szkołyEncyklopedia wiedzy o jezuitach na ziemiach polskich 1564–1995, s. 205.
Nic to jednak niezmieniło, gdyż Hagenau nadal kontynuował destrukcyjną działalność, przeciwstawiając się przyjmowaniu uczniów z Polski, w przeciwnym razie zapowiadał publicznie wyjście z zakonu. W końcu w lipcu 1566 odwołano go także z funkcji prefekta szkoły. Został skierowany do Bawarii, ażeby tam objąć stanowisko profesora filozofii w kolegium jezuitów w Dillingen. Wówczas Hagenau opuścił zakon i przeniósł się do Gdańska.