W 1564 roku opat nadał sołtysostwu w Szczepanowie szerokie przywileje gospodarcze, pozwalając sołtysowi osadzać w folwarku rzemieślników, między innymi szewca, krawca, kowala, rzeźnika i piekarza, a także wyrażając zgodę na budowę młyna zbożowego obok traka wodnegoP. Wiszewski, Świat na pograniczu: dzieje Lubawki i okolic do 1810 r., Wrocław: Wydawnictwo eBooki.com.pl, 2015, s. 122..
Działania te wpisywały się w szerszą politykę gospodarczą klasztoru, która początkowo wspierała rozwój lokalnych gospodarstw sołtysich, jednak z czasem zmierzała do zwiększenia bezpośredniej kontroli opactwa nad kluczowymi źródłami dochodu, zwłaszcza młynami. Tendencja ta była kontynuowana przez następców Jana VI, którzy wykupywali młyny i ograniczali dawne przywileje sołtysów.
Konflikt z rodem Schaffgotschów Istotnym problemem za rządów Jana VI były konflikty z rodem Schaffgotschów dotyczące prepozytury cysterskiej w Cieplicach Śląskich-Zdroju (Warmbrunn). Prepozyt Kaspar Hauser na rzecz hrabiego zrezygnował w 1560 roku z młyna w Herischdorfie (obecnie Sobieszów, część Jeleniej Góry). W odpowiedzi cesarz wydał w Pradze 5 lipca 1562 roku rozkaz nakazujący hrabiemu zwrot dóbr i kosztowności zabranych wcześniej prepozyturze i kościołowi w Cieplicach przez Ulryka Schaffgotscha.