Do pierwszego palca kończyny dolnej przyczepia się błona sięgająca boków ciała.
Systematyka thumb|left|Rodzaj krótkonosek obejmuje kilka innych nietoperzy, jak krótkonosek sfinksowy Nowy gatunek nietoperza opisany został pod obecną nazwą w 1906 roku przez amerykańskiego zoologa Gerrita Smitha Millera Jr. Jako miejsce typowe podano położoną koło Sumatry wyspę Nias. Holotyp to skóra i czaszka dorosłego samca (sygnatura USNM:MAMM:141240) ze zbiorów Narodowego Muzeum Historii Naturalnej w Waszyngtonie; okaz typowy zebrał 11 marca 1905 roku amerykański podróżnik William Louis Abbott.
W przeszłości tego krótkonoska uznawano nie za osobny gatunek, ale za podgatunek w obrębie krótkonoska krótkouchego, podobnie jak krótkonoska uprawowego, również uznawanego obecnie za osobny gatunek nietoperza. Obecnie natomiast uważa się, że krótkonosek drobny może sam stanowić kompleks gatunków. Niemniej według stanu z 2019 roku nie wyróżnia się żadnych podgatunków.