Praca badawcza Zainteresowania naukowe Wojciecha Bożejki obejmują optymalizację kwantową, optymalizację dyskretnych procesów produkcyjnych, obliczenia wieloprocesorowe (równoległe i rozproszone), teorię i praktykę szeregowania zadań, a także konstruowanie i implementację algorytmów optymalizacji dyskretnej oraz badanie złożoności obliczeniowej. Swoje prace publikował w czasopismach naukowych, takich jak „IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems”, „Annals of Operations Research”, „Future Generation Computer Systems”, „Neurocomputing”, „International Transactions in Operations Research” oraz „Computers & Industrial Engineering”.
Dorobek naukowy i organizacyjny Jest autorem ponad 260 recenzowanych publikacji naukowych oraz promotorem co najmniej 6 doktoratów. Posiada status Senior Member w IEEE, jest członkiem IFAC, POLSPAR (Polskie Stowarzyszenie Pomiarów, Automatyki i Robotyki), Polskiego Towarzystwa Zarządzania Produkcją oraz Wrocławskiego Towarzystwa Naukowego.
Działa jako ekspert dla instytucji krajowych i międzynarodowych, w tym: NCN, NCBR, Swiss National Science Foundation (SNSF), Dutch Research Council (NWO) oraz Komisja Europejska. Był kierownikiem trzech projektów badawczych finansowanych przez NCN.