Po fali aresztowań, wraz z wieloma innymi duchownymi i świeckimi z diecezji Santander, został zamknięty pod pokładem w ładowni nr 2 statku-więzienia Alfonso Pérez, zakotwiczonego w zatoce Santander.
Z zachowanych listów oraz relacji współwięźniów wynika, że uwięzieni zorganizowali w ładowni regularne życie modlitewne – odprawiano potajemne spowiedzi i codziennie odmawiano różaniec, czemu przewodził ks. Francisco. Kulminacja prześladowań na statku nastąpiła 27 grudnia 1936 roku, kiedy milicje dokonały masowej egzekucji więźniów, wywołując ich kolejno z ładowni na pokład. Ks. Francisco oraz rzesza jego towarzyszy zginęli, odmawiając wyparcia się wiary chrześcijańskiej. Pozostali członkowie tej grupy męczenników byli sukcesywnie mordowani w różnych miejscach prowincji w latach 1936–1937.
Skład grupy i wykaz męczenników W skład grupy wchodzi 80 osób (w tym 70 księży diecezjalnych, 3 zakonników z zakonu karmelitów bosych, 3 kleryków oraz 4 osoby świeckie), którzy ponieśli śmierć męczeńską w latach 1936–1937. Poniższa tabela zawiera pełny wykaz członków tej grupy ułożony chronologicznie według daty ich śmierci: