Współpraca z parkiem narodowym Stacja nie jest organem administrującym parkiem, lecz instytucją naukową współpracującą z Dyrekcją Parku Narodowego Galapagos. W tym modelu decyzje o ochronie, egzekwowaniu przepisów i zarządzaniu zasobami należą do władz Ekwadoru, natomiast stacja i fundacja zapewniają badania, monitoring, analizy oraz rekomendacje dla programów ochrony przyrody.
Taki układ od początku łączył pracę naukową z lokalną polityką ochrony środowiska. Historycy nauki opisują stację jako teren, na którym ścierały się interesy zagranicznych badaczy, ekwadorskich władz, administracji parku i rosnącej społeczności wysp. W latach 70. krytykowano między innymi część metod badawczych oraz sposób kontroli projektów prowadzonych przez naukowców z zewnątrz; późniejsze plany zarządzania w większym stopniu uwzględniały lokalne ramy administracyjne i potrzebę kontroli badań terenowych.
Edukacja i udostępnianie Stacja pełni także funkcję edukacyjną i popularyzatorską. Dla odwiedzających przygotowano ekspozycje poświęcone ponad sześćdziesięciu latom badań w archipelagu, wybranym elementom kolekcji przyrodniczych oraz aktualnym projektom ochronnym.