UNESCO opisuje rezerwat jako część integralnego układu wysp i otaczającego je morza; wody wewnętrzne archipelagu oraz strefa do 40 mil morskich tworzą strefę ochrony dla procesów ekologicznych zachodzących między lądem, brzegiem i otwartym morzem.
W 2022 roku na północny wschód od archipelagu Ekwador ustanowił dodatkowy rezerwat morski Hermandad o powierzchni 60 tys. km². Nie zastępuje on pierwotnego Rezerwatu Morskiego Galapagos, lecz rozszerza ochronę korytarza morskiego łączącego Galapagos z obszarami chronionymi przy Wyspie Kokosowej, Malpelo i Coibie. W nowej strefie 30 tys. km² wyłączono z połowów, a na kolejnych 30 tys. km² dopuszczono odpowiedzialne rybołówstwo z zakazem użycia .
Historia ochrony Pierwszy plan zarządzania Parkiem Narodowym Galapagos z 1974 roku rekomendował ochronę pasa morza o szerokości 2 mil morskich wokół każdej wyspy. W 1986 roku utworzono Rezerwat Zasobów Morskich Galapagos, którego celem było ograniczenie nielegalnych połowów i nadmiernej eksploatacji zasobów morza. UNESCO podaje, że pierwotna morska strefa ochronna z 1986 roku miała około 70 tys. km².