Ujawniona zostaje tożsamość zdrajcy, który zdradził Red Team w pierwszej misji; okazuje się nim być Strachen. Red Team zostaje następnie wysłany na Filipiny, aby spotkać się z bratem Connorsa, Alanem, i odnaleźć Strachena. Oddział zakłada kryjówkę w pobliżu hotelu Mantki, gdzie przebywa Strachen, zgodnie z informacjami przekazanymi przez Alana Connorsa. Zespół zostaje jednak zaatakowany przez terrorystów i ucieka, zanim udaje mu się schwytać Strachena. Zdrajca zostaje później odnaleziony w posiadłości, gdzie wziął czterech zakładników i ukrywa się z armią wyszkolonych najemników dowodzonych przez Hansa Klerblera. Red Team eliminuje Klerblera w odwecie za brutalne morderstwo Alana Connorsa. Strachen zostaje pojmany i ujawnia, że Mandel przebywa w Kaszmirze.
Akcja finałowej misji rozgrywa się w Kaszmirze, gdzie Mandel planuje wystrzelić rakietę z głowicą nuklearną w kierunku Pakistanu, aby wywołać wojnę między tym państwem a Indiami. Red Team rozbraja rakiety, a Mandel ginie, gdy jego Mi-24 zostaje zestrzelony. Gra kończy się decyzją członków zespołu o powrocie do Kolumbii w celu odnalezienia Foleya.