System rozgrywek Rozgrywki o Puchar Macedonii Północnej 2026 składały się z I rundy, ćwierćfinałów oraz turnieju finałowego, w ramach którego rozegrano półfinały i finał. We wszystkich rundach obowiązywał system pucharowy, a o awansie decydował jeden mecz. W I rundzie uczestniczyły zespoły, które w fazie zasadniczej I ligi sezonu 2025/2026 zajęły miejsca 4–12. Od ćwierćfinałów do rozgrywek dołączyły pozostałe drużyny I ligi.
Pary I rundy utworzono na podstawie miejsc zajętych w fazie zasadniczej I ligi według następującego schematu: para 1: 4–13, para 2: 5–12, para 3: 6–11, para 4: 7–10, para 5: 8–9.
Gospodarzem meczu była drużyna wyżej sklasyfikowana w fazie zasadniczej I ligi.
Pary ćwierćfinałów i półfinałów wyłoniono w drodze losowania. Losowanie ćwierćfinałów przeprowadzono 27 lutego, natomiast półfinałów – 19 marca 2026 roku. Przed losowaniem par ćwierćfinałowych drużyny podzielono na dwa koszyki – w pierwszym znalazły się cztery najwyżej sklasyfikowane zespoły w fazie zasadniczej, w drugim – pozostałe drużyny.