na temat poprawnego nazewnictwa obserwowanych ptaków.
W 1810 roku, podczas podróży łodzią po rzece Ohio, Wilson spotkał w Louisville w Kentucky młodszego od siebie Johna Jamesa Audubona – drugiego z wielkich amerykańskich ornitologów tej epoki. Według serwisu poświęconego historii Paisley spotkanie to „prawdopodobnie zainspirowało Audubona do wydania własnej książki o ptakach”. W 1813 roku Wilson został członkiem Amerykańskiego Towarzystwa Filozoficznego.
Ostatnie lata i śmierć mały|left|Grób Wilsona na cmentarzu przy kościele Gloria Dei (Old Swedes’) w Filadelfii W ostatnich latach życia Wilson zajął się przede wszystkim ptakami wodnymi, o których miały traktować końcowe tomy American Ornithology. Po rezygnacji kolorystów, którzy dotąd ręcznie kolorowali tablice, sam podjął się ukończenia ósmego tomu, pracując jednocześnie nad tomem dziewiątym. Nadmierny wysiłek odbił się na jego zawsze niezbyt mocnym zdrowiu. W sierpniu 1813 roku, po przejściu w bród przez rzekę w pogoni za ptakiem, zachorował na czerwonkę i zmarł pod koniec miesiąca. Jedno ze źródeł podaje, że przyczyną była „czerwonka, przepracowanie i chroniczne ubóstwo”.