W ramach poszczególnych kolekcji mogą być tworzone podkolekcje, np. w kolekcji Rękopisy jako pierwszą utworzono podkolekcję Sztambuchy, w kolekcji Ikonografia utworzono podkolekcje Grafiki oraz Pocztówki, w kolekcji Kartografia utworzono podkolekcje Mapy, Atlasy, Plany, Weduty, w kolekcji Dokumenty życia społecznego – podkolekcję Telegramy patriotyczne, a w kolekcji Masonica – Stare druki Wielkiej Loży Hamburga oraz Spisy członków lóż. Podkolekcje te wyróżniają się graficznie. Użytkownik może się do nich dostać albo wybierając je w panelu bocznym, gdzie są widoczne w formie rozwijanej listy, albo przez klikanie w poszczególne kafelki i wchodząc głębiej w platformę.
Mirabilium Collectio zawiera także specjalistyczne bazy: Bazę opraw, Bazę proweniencji, Bibliografię Druków Wielkopolskich oraz Piśmiennictwo antyjezuickie, które są wizualnie oddzielone od kolekcji. Pozostałe specjalistyczne bazy: Wyszukiwarka druków Wielkiej Loży Hamburga, Polska Bibliografia Wiedzy o Komiksie, Katalog komiksów BUP umieszczono przy odpowiadającym im specjalistycznych kolekcjach (Masonica oraz Komiksy).