Po zakończeniu II wojny światowej budynek nie był użytkowany i stopniowo popadał w ruinę. W 1953 roku Zjednoczony Kościół Ewangeliczny podjął starania o przejęcie obiektu dla szczecińskiego zboru. W związku z planowaną odbudową sporządzono kosztorys obejmujący naprawę konstrukcji drewnianych, wykonanie nowej podłogi, roboty tynkarskie, malowanie wnętrz oraz uzupełnienie stolarki budowlanej. 21 listopada 1953 roku kościół został formalnie przekazany Zjednoczonemu Kościołowi Ewangelicznemu. W protokole zdawczo-odbiorczym określono jego stan jako częściowo zdewastowany. Pomimo prób zabezpieczenia obiekt nadal był niszczony i okradany.
22 maja 1954 roku przełożony szczecińskiego zboru Aleksander Rapanowicz odmówił przejęcia budynku, wskazując na postępującą dewastację, wysokie koszty remontu oraz brak możliwości skutecznego zabezpieczenia obiektu. Kilka dni później władze Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego zrezygnowały z użytkowania świątyni. Pozostawiony bez opieki budynek został następnie rozebrany przez okolicznych mieszkańców w celu pozyskania materiałów budowlanych.