W 1996 roku zdecydował się na wyjazd za granicę. Przez kolejne pięć lat występował w Niemczech w zespołach ligi regionalnej: HSC Hannover (1996–1998) oraz TSV Anderten (1998–2000). W 1999 roku bliski był transferu do występującego w I Bundeslidze zespołu VfL Bad Schwartau, gdzie jego pozyskaniem zainteresowany był ówczesny trener Marek Kordowiecki. Ostatecznie do przejścia nie doszło ze względu na zmianę szkoleniowca w niemieckim klubie na przełomie sezonów.

W latach 1999–2001 reprezentował barwy luksemburskiego klubu HSC Berchem, z którym dwukrotnie z rzędu zdobył mistrzostwo Luksemburga. Następnie powrócił do Niemiec, gdzie w latach 2001–2003 grał w zespole ISV Ibbenbüren.

Problemy zdrowotne i zakończenie kariery Kariera zawodnicza Sebastiana Mańkowskiego była przerywana poważnymi urazami. W okresie studiów na gdańskiej AWF kontuzje stopy oraz nerki, które wymagały interwencji chirurgicznych, uniemożliwiły mu regularne występy w barwach Wybrzeża Gdańsk.

W 2003 roku, podczas meczu ligowego w Niemczech, doznał ciężkiego urazu stawu barkowego (zwichnięcie z rozerwaniem struktur stawowych).