W roku 1443 Szachruch ustanowił zarządcą Komu swojego wnuka, Sultana Muhammada.
Pomimo prowadzonych konfliktów najpierw z dziadkiem, a następnie z bratem Abu al-Kasim Baburem, a także z Kara Kojunlu, którzy w latach 1447-8 zaatakowali zachodnią Persję Środkową, wyrządzając Kom poważne szkody, Sultan Muhammad utrzymał Kom do 1452 roku. Władca spędzał w tym mieście dużo czasu, przekształcając je w jedną ze swoich najważniejszych twierdz. Kontrola Timurydów nad Komem zakończyła się, gdy Pir Budaq zajął Kom, co stało się albo 19 czerwca 1452, albo na początku roku 1453. W czasie oblężenia Turkmeni dokonali w mieście znacznych zniszczeń. Rządy Kara Kojunlu nad Komem trwały przez piętnaście lat. Dżahanszah przebywał w Komie kilkakrotnie, w tym dwukrotnie (1453 i 1462) używał miasta jako swojej kwatery zimowej, co wskazuje na strategiczne znaczenie Komu w państwie Kara Kojunlu.
W okresie Ak Kojunlu sytuacja Komu była podobna. Uzun Hasan kilkukrotnie przebywał w Komie jako kwaterze zimowej, zamieniając miasto na pewne okresy w quasi stolicę Ak Kojunlu. Wydaje się, że Kom ogromnie skorzystał na tych pobytach. Wojna o sukcesję pomiędzy synami Uzuna Ḥasana pozostawiła miasto mniej lub bardziej nietknięte.